中性粒细胞减少症的治疗取决于病因和病情严重程度.引起粒细胞减少的药物必须立即停用.有时不需治疗骨髓亦能自然恢复.轻度粒细胞减少的病人(中性粒细胞计数大于500个/μl)一般无症状,可不需治疗.严重粒细胞减少症的病人(<500/μl)因缺乏防御外界微生物的能力容易迅速招致感染.一旦发生感染,病人需立即住院.即使尚未明确感染的原因以及感染的确切部位,亦应立即给予强有力的抗生素治疗.发热是粒细胞减少病人常见的症状,亦是医护人员需立即关注的重要征象.生长因子能刺激白细胞的产生,特别是粒细胞集落刺激因子(g-csf)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(gm-csf)有时会有帮助.这类治疗能消除周期性粒细胞减少症病人的临床发作.若中性粒细胞减少是因过敏或自身免疫反应所致,皮质激素有一定疗效.若怀疑有某些自身免疫性疾病如某些再生障碍性贫血病例,可使用抗胸腺细胞球蛋白及其他免疫抑制治疗(抑制免疫系统活性的治疗).如有脾功能亢进,脾脏切除可以增加粒细胞数量.再生障碍性贫血病人如免疫抑制治疗无效可以作骨髓移植治疗.骨髓移植有相当的毒性反应,需要较长的住院时间,并且只能在一些特定的情况下进行.一般来说,它不用于治疗单纯的粒细胞减少症.