阜外医院现已拥有1个国家重点实验室，3个部级重点实验室，搭建了医院—网络医院—社区心血管病防治平台、心血管临床数据防治与分析信息化平台，心血管生物资源共享平台、中国心血管疾病医疗诊断中心等高水平的医学研究平台及全新机制的中心实验室，以开放性平台服务全国。主持了国家“七五”以来的大部分攻关项目和“973”、“863”、“十一五”、“十二五”等重大项目，在“十二五”期间（截止2014年），实际到位科研经费达5.14亿元，年均约1.29亿元；近十年来医院共获得国家科技进步奖11项，省部级科研奖54项；2006年以来，医院共发表学术论文3822篇，SCI 1002篇，其中在《新英格兰》、《柳叶刀》、《循环》等国际权威杂志发表众多学术文章。制定了专业指南和个体化治疗方案，共有10余项被AHA/ACC和ESC国际疾病防治指南采纳，为国际和国内权威指南做贡献